Super Mario Run receberá uma grande atualização nos celulares Android e iOS no dia 29 de setembro. O game ganhará fases para renovar o jogo e um modo chamado "Quickfire", além da adição da princesa Daisy como uma personagem e a possibilidade de jogar ouvindo música. Outra novidade é o desconto de 50% no jogo completo nas próximas duas semanas - lembrando que a versão gratuita é uma demo e a completa custa em torno de US$ 10.
Para jogar com a Daisy o jogador deverá completar o "Remix 10", um modo no qual você deverá focar em encontrar medalhas coloridas, as chamadas "Rainbow Medals". Depois que conseguir medalhas suficientes, você terá Daisy na sua equipe de personagens. A atualização também trará um novo mundo chamado "World Star" que estará disponível apenas para os jogadores que completarem os seis mundos iniciais do game.
Outros recursos que serão possíveis com o upgrade de Super Mario Run são a possibilidade de ouvir música enquanto joga (o que adiciona fones de ouvido no personagem
... ), além de itens e decorações novas para o Reino dos Cogumelos.